История ишимского краеведческого музея начинает свой отсчет с 1923 года. Как и во многих других провинциальных городах, музей в Ишиме был создан стараниями одного человека — краеведа-энтузиаста Г. Левина, занимавшегося собирательством и систематизацией исторических экспонатов, а также изучавшего природу и археологическое наследие окрестностей Ишима. С момента основания до 1953 годы музей не имел собственного помещения, и неоднократно менял адреса экспонирования своего собрания. 20-30 годы охарактеризовали себя возникновением вокруг музея первых краеведческих обществ, проведением их участниками исследовательских работ и издание публикаций, посвященных истории города. С началом Великой Отечественной войны в связи с передачей ряда зданий Ишима эвакуационным госпиталям, деятельность музея была приостановлена. После неудавшейся попытки в послевоенные годы возродить музей, в 1953 году он был окончательно расформирован. Наиболее ценные его экспонаты перешли в музеи Тюмени, Тобольска и Ялуторовска. Другие сохранились в ряде школьных музеев и любительских коллекций.

После долгих лет забвения, лишь в конце восьмидесятых годов ХХ века начинается новая эра возрождения культурно-исторического наследия Ишима. Возникшее в 1989 году неформальное общество Собор , основной задачей которого было восстановление архитектурного памятника XVIII столетия — Богоявленского собора, произвело серьезную работу по сбору архивно-исторических материалов. На страницах Ишимской правды появляется страница Собор , редактор которой Л.А. Сарафанникова объединила усилия ишимских любителей старины и систематизировала большое количество сведений из истории города. Эта страница помогла выявлению целой плеяды талантливых краеведов. Инициатива соборян сыграла значительную роль в открытии музея, которое состоялось 21 декабря 1991 года в здании бывшего церковно-приходского училища. Последнее десятилетие продемонстрировало стремительный рост интереса жителей города к родной истории, выразившийся в активной деятельности ишимских краеведов, направленной на сохранение и осмысление культурно-исторического наследия города. За последние годы опубликовано большое количество статей, по-новому раскрывающих современную и дореволюционную историю края, восстанавливающих, на долгое время преданные забвению факты о купеческих традициях города. С 1999 года в Ишиме начал издаваться краеведческий альманах Коркина слобода , объединивший широкий круг исследователей-краеведов, как из самого Ишима, так и из ряда других городов Урала и Сибири.