На всей протяженности Средней Сибири выделяют 3 зоны: тундра, лесотундра и тайга. Наиболее полно представлена тайга, занимающая 70% площади. В пределы Среднесибирского плоскогорья входят только лесотундра и тайга.

Лесотундра протягивается узкой полосой (до 50-70км); граница зоны проходит по северному уступу Среднесибирского плоскогорья.

Климат зоны отнесен Б.П. Алисовым к субарктическому с преобладанием континентального воздуха умеренных широт в холодный период и трансформированного арктического воздуха летом. Сочетание заполярного положения с континентальностью с незначительной радиацией и господством антициклонной погоды обуславливает суровость зимнего периода, который продолжается около 8 месяцев, с октября по май. Снежный покров держится 250-260 дней. Мощность его 30-50 см, к западу несколько увеличивается. Летом почвы и приземный слой воздуха интенсивно прогревается. Средняя температура июля составляет 12-13оС.

Достаточно высокие температуры вегетационного периодами уменьшение силы зимних ветров благоприятствуют произрастанию не только травяной и кустарниковой растительности, но и деревьев. Из древесных пород здесь господствует лиственница даурская. В растительном покрове лесотундры преобладают кустарниковые заросли из березки тощей, ольховника, ивы. Деревья разбросаны отдельными экземплярами или группами.

Таежная зона протягивается с севера на юг более чем на 2000 км от северной окраины Среднесибирского плоскогорья.

Специфическими чертами среднесибирской тайги, резко отличающими её от тайги Западной Сибири, являются резко континентальный климат и почти повсеместное распространение мерзлоты, незначительная заболоченность, господство монотонной лиственной тайги и мерзлотно-таежных почв.

Климат зоны резко континентальный, с суровой малоснежной зимой и умеренно теплым и прохладным, умеренно влажным летом. Холодная зима с устойчивыми и сильными морозами, продолжается 7-8 месяцев. На западных склонах Среднесибирского плоскогорья выпадает наибольшее количество осадков, что способствует образования снежного покрова мощностью до 70-80 см. Рельеф и особенности циркуляции атмосферы определяют пестрое распределение осадков на территории зоны.

Зональные почвы тайги – мерзлотно-таежные. В центральной части тайги увеличивается сомкнутость древесного яруса и высота деревьев. В подлеске, кроме кустарников, березняка, встречаются черемуха, рябина, бузина, можжевельник, жимолость. Травяно-моховой покров – типично таежный. Под лесами развиваются кислые мерзлотно-таежные почвы. В южной тайге увеличивается разнообразие хвойных лесов. На пространстве таежной зоны отчетливо прослеживаются внутризональные различия, связанные с характером литогенной основы.

На размещение лесов по территории наибольшее влияние оказывает увеличение суровости зимы и уменьшение мощности снежного покрова с запада на восток. В связи с этим в при енисейской части преобладают темнохвойные елово-кедровые леса. К востоку они сменяются темнохвойно-лиственичными и сосново-лиственичными.