Источник Нилова Пустынь расположен в отрогах Восточного Саяна в Республике Бурятия на высоте 915 метров, в ущелье долины реки Ихэ-Угун - притока реки Иркут, среди хвойного леса. В переводе с бурятского языка река называется большая вода . В своем обычном состоянии река мало отличается от других горных рек, но в периоды наводнений она превращается в бурный поток, который сносит все на своем пути.

Местность Нилова Пустынь возле источника давно использовалось людьми для проживания. Об этом свидетельствуют следы материальной культуры каменного века и эпохи средневековья, найденные археологами в пещере в местности Нилова Пустынь. Лечебные свойства воды источника были издавна известны местным жителям, но впервые сообщил о них в Иркутск пограничный пристав Черепанов в 1830 году.

Свое название курорт Нилова Пустынь получил от имени архиепископа Иркутского и Нерчинского Нила Исаковича Столбенского, в миру Николая Федоровича, который после посещения открытых здесь в 1840 году источников, организовал миссионерскую Ниловскую мужскую Пустынь преподобного Нила Столбенского. Были построены: церковь, дом священника, причтовые дома и дома для приезжающих больных. Нил Столбенский, будучи образованным человеком, переводил на бурятский язык богослужебные книги, собрал богатейшую коллекцию минералов, ныне хранящуюся в этнографическом отделе Санкт-Петербургского Университета.

Тогда же были проведены первые химические исследования вод. Один из источников за высокое содержание ионов серебра был назван Серебрянкой. Нилом при поддержке Иркутского губернатора Руперта, а также иркутских купцов были собраны средства на поддержку пустыни. В то время многие строения на курорте были в частном владении, и лечение на курорте Нилова Пустынь было достаточно дорогим. В 1851 году императором Николаем I было утверждено Положение, где пустынь именовалась Заштатной мужской Пустынью . Курорт пользовался большой популярностью, здесь побывали многие известные люди, в том числе декабристы, отбывавшие ссылку в разных уголках Сибири: Волконский, Трубецкой, братья Бестужевы, Поджио, Вольф, Пущин, Раевский.

Радоновые воды источников по своим качествам близки к известным минеральным источникам Грузии Цхалтубо и алтайского курорта Белокуриха . Лечебные свойства воды обусловлены повышенной температурой 38-42 градусов и высоким содержанием минеральных соединений.

Всего здесь два горячих источника с гипертермальными водами. Дебит источников довольно постоянный и составляет около 60 кубических метров воды в сутки. По химическому составу это сульфатные натриевые воды с довольно высоким содержанием кремнекислоты - 53 мг/л. Лечебные свойства вод Ниловой Пустыни усиливаются благодаря своей радиоактивности. По газовому составу воды Ниловой Пустыни являются типичными азотными термами.

С 1953 гола курорт Нилова Пустынь считается курортом местного значения, здесь началось строительство ванного корпуса и расположены пансионаты. В настоящее время в Ниловой Пустыни функционирует 9 пансионатов, а также водолечебница Нилова Пустынь .

Воды курорта Нилова Пустынь эффективно лечат различные заболевания, в том числе: заболевания опорно-двигательного аппарата, центральной и периферической нервной системы, сосудов и сердца, гинекологические заболевания, заболевания мужской половой сферы, кожи, эндокринной системы и обмена веществ, профессиональные заболевания. В водолечебнице работают кабинеты физиотерапии, электро - и светолечения, рефлексотерапии, лазеротерапии, электросна, массажа, лечебной физкультуры, спелеокамера.

Курорт Нилова Пустынь расположен в узком ущелье, защищенном от ветров, здесь особый микроклимат. Зима здесь мягче, чем в Тункинской долине, пониженное атмосферное давление и высокая прозрачность воздуха благоприятно воздействуют на состояние здоровья. Это создает очень комфортные условия для отдыха. В реке Ихе-Угунь водится рыба.

Река летом используется для пляжного отдыха, для этого на ней есть несколько удобных отмелей. Есть удобные места для стоянок автотуристов. Недалеко от курорта Нилова Пустынь находится одно из священных мест Тункинской долины Республики Бурятия - Бурхан-Баабай. К нему ведет грунтовая автодорога, далее эта дорога ведет к селу Хойто-гол, где работает историко-этнографический музей.

Расстояние до поселка Кырен – 42 километра, до города Слюдянка – 175 километров, до города Иркутск – 265 километров, до города Улан-Удэ – 532 километров.

Курорт Нилова Пустынь используется как базовый лагерь для организации туристских маршрутов на Шумак. К озеру Тунку-Нур, Ильчир и на Центральное Саянское плоскогорье. Туристские группы часто нанимают лошадей в селе Хойтогол.

Лечебно-оздоровительные факторы и месторасположение курорта Нилова Пустынь делает очень перспективным здесь развитие лечебно-оздоровительного и других видов туризма.