В 1989 году территория Свято-Николаевского монастыря на которой размещалась колония для несовершеннолетних преступников была возвращена Православной церкви. Перед назначенным настоятелем обители, игуменом Тихоном, стояла сложнейшая задача восстановления, долгие годы подвергавшихся разрушению и поруганию храмов монастыря, возрождения его былых духовных традиций. Несмотря на множество трудностей, переживаемых в первые годы возрождения обители, игумен Тихон смог найти силы и время для изучения истории монастыря и организации посвященных ей первых музейных выставок.

В те нелегкие годы, молодой настоятель монастыря осознавал, что наряду с восстановлением разрушенных храмов, не менее важной задачей является возвращение людям подлинной истории их Родины, многие светлые страницы которой были связаны с жизнью подвижников, чьи имена долгие годы пытались стереть из памяти народа.

Первая выставка, организованная игуменом Тихоном в предоставленном ему Верхотурским краеведческим музеем подвале Дома для высоких гостей, была посвящена 1000-летию Крещения Руси. Выставка стала важным событием в жизни города. На ней были представлены редкие фотографии, рассказывающие о дореволюционной истории Верхотурья и жизни Свято-Николаевского монастыря, а также сохранившиеся старинные иконы и церковная утварь. Вскоре вслед за ней была организована, дополненная вещественными экспонатами, фотовыставка «Гибель царской семьи», возвращающая людям правду о семье последнего российского императора, имевшей глубокую духовную связь с верхотурской обителью. В это же время в стенах музея прошла выставка, посвященная небесному покровителю Урала и Сибири - Святому Праведному Симеону Верхотурскому.

Фотовыставка «Петровские преобразования в Верхотурье» по-новому раскрывала многие страницы истории города начала XVIII века – времени, когда в задачи Верхотурья входило утверждение на новых, необжитых сибирских землях важнейших атрибутов русской государственности и духовной культуры.

В 1995 году игумен Тихон начал работу по созданию православного музея при Свято-Николаевском монастыре. Первоначально музей разместился в двух небольших залах реставрируемого в ту пору монашеского корпуса.

В 1996 году музей открыл свои двери для первых посетителей. В настоящее время, его постоянная экспозиция размещается в четырех небольших залах.

Экспозиция первого зала, очень ёмко и лаконично вмещает в себя ключевые вехи четырехсотлетней истории монастыря. В ней представлены портреты, воссоздающие облик его первых настоятелей, среди которых – основатель обители – преподобный Иона. Здесь же можно увидеть напрестольное Евангелие, отпечатанное при царе Михаиле Федоровиче и патриархе Филарете, и ряд других экспонатов, относящихся к первым годами существования монастыря.

Зал знакомит посетителей с иконами, церковной утварью и облачениями, а таже рядом других предметов, многие из которых, в буквальном смысле чудом сохранились в годы гонений на Православную церковь. Среди них – часть решетки, стоявшей возле разрушенного Симеоновского храма села Меркушино, фрагмент деревянного монастырского водопровода, построенного иждивением архимандрита Гавриила и ряд других уникальных экспонатов.

Среди редких книг, размещенных в одной из витрин зала, представлены дореволюционные издания жития Святого Праведного Симеона Верхотурского, а также оригинал изданной в 1910 году Летописи Верхотурского мужского общежительного монастыря, написанной В.С. Барановым.

Значительный интерес представляют фотографии и документальные материалы, представленные в экспозиции зала. Часть из них повествуют о духовной связи семьи Романовых со Свято-Николаевским монастырем. Здесь можно увидеть телеграммы, адресованные ее членами настоятелям и старцам верхотурской обители. Одна из них 1915 году была отправлена Николаем II на имя архимандрита Ксенофонта.

Экспозиция второго зала музея полностью посвящена истории Крестовоздвиженского собора. О судьбе этого величественного храма, во многом, ставшей символичной для истории России ХХ века, лаконично повествует фотохроника. На ней запечатлены моменты его закладки и освящения, в день которого состоялся крестный ход из Екатеринбурга в Верхотурье и… полуразрушенный интерьер собора, оскверненный мусором и надписями, оставленными на его стенах заключенными детской колонии, которая размещалась в его стенах в годы советской власти. Представленные здесь фотографии рассказывают и о нелегких трудах братии монастыря и многих других, неравнодушных людей, по возрождению собора. В зале размещены сохранившиеся фрагменты плит, колон и осколков фаянсового иконостаса Крестовоздвиженского собора.

Третий зал музея посвящен истории Екатеринбургской епархии с 1885 по 2000 годы. В нем представлена галерея владык Епархии, многие портреты и фотографии которых дополнены письменными рассказами об их деяниях и судьбах.

Экспозиция четвертого зала рассказывает о сегодняшнем дне Свято-Николаевского монастыря. В нем также представлен раздел, посвященный верхотурскому Покровскому женскому монастырю.

Благодаря стараниям основателя музея игумена Тихона и его заведующей, краеведа Раисы Николаевны Огарковой, Православный музей Свято-Николаевского монастыря стал местом, сплотившим вокруг себя многих любителей истории и духовных традиций Урала. В 1995 году было создано Общество любителей верхотурской старины. С 1998 года, его совместными с монастырем стараниями, стала издаваться газета «Верхотурская старина», а с 2003 года, одноименный иллюстрированный журнал.