Ялуторовский музейный комплекс, включающий мемориальные дома декабристов, по праву является одной из главных достопримечательностей города. Открытый в 1927 году на базе краеведческого кружка, созданного энтузиастами, музей сегодня известен всей России. Первоначально экспозиция музея содержала разделы, посвященные палеонтологическим и археологическим находкам, сделанным в окрестностях Ялуторовска, а также дореволюционной и советской истории города. В первые годы работы музея его сотрудниками был выявлен ряд малоизвестных свидетельств о жизни декабристов в Ялуторовске, найдены дома, в которых они проживали.

С 1934 по 1947 год музей возглавлял Игорь Озолин — человек, подвижнический труд которого во многом способствовал созданию того Музея декабристов, с которым мы имеем возможность ознакомиться сегодня. Именно им в 1935 году при ремонте дома, в котором жил М.И. Муравьев-Апостол была обнаружена запечатанная сургучом бутылка с «Посланием потомкам», оставленная декабристом столетие назад. Это событие и послужило поводом к созданию в Ялуторовске Музея Памяти декабристов. В годы Великой Отечественной войны музей временно прекратил свою работу. В нем были размещены эвакуированные ленинградцы. Однако уже в 1946 году музей продолжил принимать посетителей, за короткий срок, став известным далеко за пределами Сибири. На протяжении 50-х годов собрание музея пополнялась новыми экспонатами. В этот период было установлено место захоронения декабриста А. Ентальцева, а также перенесен на территорию музея дом И. Якушкина. С 1960 по 1990 год музей возглавлял Николай Зубарев — человек много сделавший для его развития и систематизации фактов, касающихся культурно-исторического наследия Ялуторовска. В 1970-е годы им была написана, выдержавшая несколько переизданий, книга, посвященная истории города. В это же время было построено кирпичное здание, в котором стали размещаться временные экспозиции музея. Активная деятельность музея во многом способствовала тому, что в 1970 году Ялуторовск был включен в список исторических городов России.

В 1990-е годы сотрудниками музея была проделана большая работа по переосмыслению исторического наследия города и открытию для широкой аудитории его малоизвестных страниц. Среди публикаций, изданных в этот период, следует отметить книгу сотрудницы музея — Альбины Болотовой «История города Ялуторовска с древнейших времен», которая была рекомендована в качестве первого учебного пособия по истории города для школьников. В 1993 году Ялуторовский музей первым в Сибири принял выставку декабристских реликвий из фондов Государственного исторического музея. Гостями музея неоднократно становились потомки декабристов, приезжавшие из разных уголков мира.

В 1996 году Ялуторовский музей был преобразован в музейный комплекс с тремя филиалами: «Краеведческий музей», «Историко-мемориальный музей» и «Дом природы». Музеем продолжают реализовываться оригинальные экспозиционные проекты, среди которых — выставка «Хлеб и масло Сибири», раскрывающая историю промышленных традиций города путем использования целого ряда нестандартных экспозиционных приемов. На рубеже веков и тысячелетий Ялуторовским музеем была сделана важная работа по осмыслению истории и культуры города. Директором музея Павлом Белоглазовым была написана и издана книга-альбом «Ялуторовск: след в истории», в которой впервые были сведены воедино самые значимые страницы истории города, редкие иллюстрации, фотографии и исторические документы.